Uno de los desafíos que enfrenta Panamá es alcanzar un crecimiento económico,  desarrollo y prosperidad de manera compatible y sostenible con el ambiente.  El asegurar la protección y el manejo de la Cuenca Hidrográfica del Canal de Panamá  es crítico para preservar el agua dulce necesaria para las operaciones del Canal, resaltando su valor económico y estratégico para el funcionamiento eficiente de esta vía acuática vital.  La trascendencia del Canal es evidente dado el importante crecimiento del comercio de la región. Como una vía marítima principal del comercio mundial, el Canal se torna necesario para las economías de los países en vías de desarrollo en la región y para el libre comercio en las Américas.  Más de 7,000 barcos comerciales llevando 130 millones de toneladas de carga transitan el Canal por año.  El catorce por ciento del comercio de los Estados Unidos transita el Canal de Panamá en vía hacia o desde puertos estadounidenses.

En 2004, la USAID aprobó un nuevo Plan del País para el período fiscal 2004-2008. Este plan contribuye al logro de tres objetivos principales de la política exterior de los Estados Unidos: Protección de la Red de Infraestructura, Sistemas y Prácticas Democráticas, y Comercio e Inversión.  El programa de la USAID que protege la Cuenca Hidrográfica del Canal apoya la seguridad e intereses económicos de los Estados Unidos, así como la economía regional y hemisférica.

Los programas de la USAID apoyan también la consolidación de la democracia, la administración ambiental, el desarrollo comunitario y la competitividad comercial para reducir la pobreza y mitigar conflictos.  Estos programas apoyan la adecuación de políticas, mejores prácticas, participación comunitaria y el fortalecimiento de organizaciones de la sociedad civil para abogar por reformas y pedir cuentas al gobierno.

En Panamá, la USAID persigue actualmente dos Objetivos Estratégicos: Gobernar con Justicia: Una Gestión de Gobierno Responsable y Transparente, y Libertad Económica: Una Economía Abierta, Diversificada y en Expansión. El programa bilateral también apoya actividades para fortalecer comunidades seleccionadas del Darién.  Existen además  programas regionales de la USAID que incluyen la prevención del HIV/SIDA, protección del medio ambiente, y la preparación para el manejo de desastres.

Las actividades bajo el objetivo Gobernar con Justicia buscan i) ayudar a Panamá a desarrollar instituciones del gobierno y empresariales más responsables y transparentes, apoyando la reforma del marco legal para la transparencia y desarrollando la capacidad local para prevenir, investigar y procesar casos de corrupción; ii) reforzar las organizaciones ciudadanas de fiscalización y monitoreo; y iii) promover valores éticos en instituciones públicas y privadas.  El propósito central es mejorar la transparencia y rendición de cuentas en el gobierno y reforzar la fiscalización de la sociedad civil a través de auditorias sociales.  Al fortalecer organizaciones de la sociedad civil, los ciudadanos Panameños tendrán una mayor voz en la determinación de políticas públicas y estarán mejor capacitados para fiscalizar los programas de gobierno.

Las actividades bajo el Programa de Libertad Económica están mejorando el manejo y la conservación de cuencas hidrográficas críticas para preservar la biodiversidad.  Con la asistencia de la USAID, se espera también elevar la competitividad de pequeñas y medianas empresas en apoyo a un tratado bilateral de libre comercio entre los Estados Unidos y Panamá.  Una  administración ambiental idónea en el área de la Cuenca del Canal de Panamá es crucial para la conservación de la biodiversidad, prosperidad económica y seguridad internacional.  La USAID apoya actividades que fomentan una adecuada gestión de gobierno en materia ambiental y el eco-turismo en áreas protegidas, así como la participación de actores claves o grupos de interés, adecuación de políticas y reformas legales.  La USAID financia actividades de fortalecimiento de la capacidad comercial para ayudar a pequeñas y medianas empresas a que se beneficien de las nuevas oportunidades comerciales que se generarán bajo el tratado de libre comercio.

La asistencia de la USAID ayudó a que las comunidades indígenas pudieran hacer valer sus intereses y a legitimar a autoridades de los gobiernos locales en el Darién, la provincia económicamente menos  desarrollada en Panamá.  La USAID construyó un número importante de infraestructuras sociales y productivas, promoviendo al mismo tiempo el fortalecimiento comunitario y la autoayuda.  Como resultado de ello, la calidad de vida y el bienestar de 64 comunidades participantes (el 25% de la población) en el Darién ha mejorado.